OMS · alerte
Top 10 des menaces mondiales
L'OMS classe l'antibiorésistance parmi les dix premières menaces de santé publique mondiale.
WHO
Microbiologie · thérapeutiques de précision
La phagothérapie : une approche ciblée face à l'antibiorésistance
Je me souviens avoir étudié le sujet des phages en école de naturopathie, non pas parce qu'il s'agit d'une pratique naturopathique en soi, mais parce que c'est une autre façon d'aborder la santé. Des personnes se rendaient en Géorgie pour s'y faire soigner, car c'est là, à l'Institut Eliava de Tbilissi, qu'est conservée la plus grande collection de bactériophages au monde.
Le problème : quand les antibiotiques ne suffisent plus
La résistance bactérienne aux antibiotiques est reconnue par l'OMS comme l'une des dix premières menaces de santé publique mondiale. Face à ce constat, la recherche se tourne vers des stratégies alternatives ou complémentaires : les bactériophages, virus naturels qui infectent exclusivement les bactéries, font partie des pistes les plus étudiées.
Mortalité 2019
1,27 million de décès directs
The Lancet (2022) : 1,27 million de décès directement imputables à la résistance antimicrobienne, près de 5 millions de décès associés.
AMR Collaborators, Lancet 2022
Projection 2050
Plus de 39 millions de décès
Si la trajectoire actuelle se poursuit, plus de 39 millions de morts cumulés sont attendus d'ici 2050.
Littérature récente
Pistes alternatives
Cibler plutôt qu'éradiquer
Face à l'impasse, la recherche explore des stratégies complémentaires aux antibiotiques. Les bactériophages, virus naturels n'infectant que les bactéries, sont parmi les plus étudiées.
Le mécanisme : comment un phage détruit une bactérie
Un bactériophage suit un cycle en cinq étapes pour détruire sa bactérie cible. L'animation ci-dessous détaille chacune d'elles.
Animation interactive
Le cycle lytique d'un bactériophage
1
Adsorption
Le phage reconnaît et se fixe sur des récepteurs spécifiques présents à la surface de la bactérie cible, via les fibres de sa queue. Cette reconnaissance est extrêmement précise : un phage donné n'infecte généralement qu'une espèce, parfois une seule souche bactérienne.
Schéma basé sur Explor Drug Sci. 2025;3:1008133 et MedComm 2025 (PMC12256688). Représentation pédagogique simplifiée, à visée éducative uniquement.
Étape 1
Adsorption
Le phage reconnaît des récepteurs spécifiques à la surface d'une bactérie précise et s'y fixe. La spécificité est très étroite : un phage donné infecte généralement une espèce, parfois une seule souche.
Étape 2
Injection du génome
Le phage perfore la paroi bactérienne et injecte son matériel génétique à l'intérieur, sans pénétrer lui-même dans la cellule.
Étape 3
Détournement
Le génome viral prend le contrôle de la cellule, qui se met à fabriquer les composants nécessaires à la production de nouveaux phages.
Étape 4
Assemblage
Les composants viraux s'assemblent en particules complètes à l'intérieur de la bactérie infectée.
Étape 5
Lyse et libération
Deux enzymes virales, l'holine et l'endolysine, dégradent la membrane puis la paroi (peptidoglycane). La bactérie éclate, libérant des dizaines à des centaines de nouveaux phages.
Phages strictement lytiques uniquement. Seuls ces phages sont sélectionnés pour un usage thérapeutique. Une seconde famille, dite tempérée ou lysogène, intègre son génome dans celui de la bactérie sans la détruire immédiatement (état de prophage dormant). Ce profil est écarté car il ne produit pas l'effet bactéricide recherché et peut, dans certains cas, transférer du matériel génétique entre bactéries.
La différence de fond avec un antibiotique : un antibiotique agit par un mécanisme chimique à large spectre, qui touche souvent indistinctement de nombreuses espèces bactériennes, y compris celles du microbiote. Un phage agit par un mécanisme physique de destruction ciblée sur une espèce, parfois une souche, sans action directe sur le reste de la flore environnante. C'est cette spécificité qui explique l'absence de résistance croisée avec les antibiotiques.
L'histoire : une pratique continue depuis un siècle, et un retour en France
Contrairement à une idée reçue, l'ancrage historique de la phagothérapie clinique se situe en Géorgie et en Pologne. C'est un biologiste français, Félix d'Hérelle, qui codécouvre les bactériophages en 1917, avant que la voie ne soit largement délaissée en Occident au profit des antibiotiques.
Géorgie · 1923
Institut Eliava, Tbilissi
Plus ancien centre mondial de recherche et d'application clinique des bactériophages, en activité continue depuis un siècle. Spécialités : médecine interne, urologie, gynécologie, pédiatrie. Patients du monde entier.
Pologne · 2005
Institut Hirszfeld, Wrocław
Unité de thérapie phagique créée sous la direction du Pr Andrzej Górski. Antennes à Cracovie et Częstochowa. L'un des rares centres européens à proposer un accès structuré à la phagothérapie expérimentale.
France · 2017→2026
PHAGEinLYON & PHAG-ONE
Programme porté par les Pr Laurent et Ferry aux Hospices Civils de Lyon. Le 28 mai 2026, l'ANSM délivre aux HCL une autorisation de fabrication MPUP pour les phages purifiés : une première en France et dans l'UE pour un établissement public.
Communiqué HCL, 28 mai 2026
L'état de la recherche clinique en 2025
La littérature scientifique a connu une accélération notable récemment.
Essai randomisé · 2025
diSArm phase IIa (AP-SA02)
Première démonstration randomisée d'efficacité d'une phagothérapie intraveineuse dans une bactériémie compliquée à S. aureus. Réponse clinique à J12 : 88 % (phage + ATB) vs 58 % (placebo + ATB), p = 0,047.
IDWeek 2025 · Armata Pharmaceuticals
Méta-analyse · 2025
130 études, 1 115 patients
Revue systématique : résultats cliniques prometteurs en phagothérapie personnalisée comme standardisée, mais seulement 9 essais randomisés identifiés sur l'ensemble du corpus.
Systematic review, ScienceDirect 2025
Essais en cours
Gram négatif & infections osseuses
Essai chinois sur les pneumonies sous ventilation (A. baumannii, P. aeruginosa, K. pneumoniae). En France, cohorte PHAGEinLYON (NCT06185920) : ~100 patients traités en compassionnel depuis 2017, inclusion jusqu'en 2028.
Ferry et al., IJAA 2024
Les pathogènes les plus étudiés restent Pseudomonas aeruginosa (infections nosocomiales, mucoviscidose) et Escherichia coli (infections urinaires multirésistantes). En France, l'équipe lyonnaise a documenté en 2024 (International Journal of Antimicrobial Agents) la mise en œuvre de son dispositif d'accès depuis 2022, principalement pour des infections ostéo-articulaires complexes liées à une prothèse ou un implant.
Ce rôle d'E. coli comme outil au service de la santé humaine
Bio-ingénierie
De la phagothérapie aux peptides métaboliques
Ce rôle d'E. coli comme outil au service de la santé humaine ne se limite pas à la phagothérapie. Cette même bactérie, pourtant connue pour ses souches responsables d'infections urinaires multirésistantes, est aussi largement utilisée comme plateforme de production en bio-ingénierie. C'est notamment le cas du GLP-1, hormone intestinale au cœur des traitements du diabète de type 2 et de la perte de poids (sémaglutide), dont la séquence peptidique peut être produite par fermentation de souches d'E. coli génétiquement modifiées.
Problème / Solution
La même espèce, deux visages
La même espèce bactérienne se retrouve ainsi à la fois du côté du problème (infections résistantes) et du côté de la solution (production de molécules thérapeutiques), selon la souche et le contexte.
Pour creuser le sujet du GLP-1 et des peptides métaboliques, direction notre exploration dédiée.
Les limites actuelles, à connaître avant tout enthousiasme
Quatre points à garder en tête pour ne pas confondre promesse et accès courant.
Cadre légal France
Production autorisée, accès encadré
Depuis le 28 mai 2026, les HCL produisent selon les BPF. La phagothérapie reste sans AMM classique : accès en cadre compassionnel, décidé en RCP, sous supervision ANSM. Pas de filière grand public, pas de prescription en ville.
Hors compassionnel
Recours à l'étranger
Pour les patients ne relevant pas des protocoles français (Lyon notamment), un déplacement vers les centres de Géorgie ou de Pologne reste une voie documentée dans la littérature.
Biologie
Résistance aux phages
Les bactéries peuvent développer une résistance au phage, comme à un antibiotique. D'où l'orientation vers des cocktails de plusieurs phages, ou des protocoles combinant phages et antibiotiques en synergie.
Méthodologie
Preuves hétérogènes
La méta-analyse 2025 souligne que les essais sont encore peu standardisés (préparations personnalisées vs fixes), ce qui complique les comparaisons directes entre études.
Pourquoi cette logique résonne avec une approche naturopathique, et où s'arrête la comparaison
L'intérêt de fond de la phagothérapie, pour une lecture naturopathique, tient à sa logique de ciblage : agir sur une cause précise sans bouleverser l'écosystème bactérien dans son ensemble, ce qui se rapproche d'une philosophie de soin du terrain plutôt que d'éradication large spectre.
Ne pas brouiller les registres. La phagothérapie est un traitement médical expérimental, administré en milieu hospitalier sous supervision stricte, avec sélection en laboratoire de phages actifs contre le pathogène identifié chez le patient (test de phagogramme). Ce n'est pas une pratique de terrain au sens naturopathique (alimentation, microbiote, hygiène de vie), et elle ne s'y substitue pas. La placer dans le même registre que des approches naturopathiques classiques créerait une confusion entre vulgarisation scientifique d'un sujet de recherche médicale et conseil de terrain.
Avertissement médical
Article à visée informative, ne constitue pas un conseil médical ni une indication d'accès à un traitement.
Sources
- Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. The Lancet, 2022;399(10325):629-655. Source
- Niazi SK. Bacteriophage Therapy: Discovery, Development, and FDA Approval Pathways. Pharmaceuticals, 2025;18(8):1115. Source
- Armata Pharmaceuticals / Lundquist Institute. Phase IIa diSArm: efficacy of bacteriophage therapy for Staphylococcus aureus bacteremia. IDWeek 2025. Source
- Auteurs multiples. Clinical application of customized and non-customized bacteriophage therapy in patients with refractory/resistant bacterial infections: a systematic review and meta-analysis. ScienceDirect, 2025. Source
- Auteurs multiples. Bacteriophage therapy for multidrug-resistant infections: current technologies and therapeutic approaches. J Clin Invest. 2025;135(5):e187996. Source
- Lapras B, Marchand C, Merienne C, Medina M, Kolenda C, Laurent F, Pirot F ; PHAGEinLYON study group. Rationalisation of the purification process for a phage active pharmaceutical ingredient. PubMed, 2024. PMID: 39111580. Source
- Ferry T, Le Bouar M, Briot T, et al. ; PHAGEinLYON Clinic Study Group. Access to phage therapy at Hospices Civils de Lyon in 2022: Implementation of the PHAGEinLYON Clinic programme. Int J Antimicrob Agents. 2024 Dec;64(6):107372. Source
- Ferry T, Kolenda C, Gustave CA, et al. Phage therapy in bone and joint infection: history, scientific basis, feasibility and perspectives in France. PubMed. PMID: 32108017. Source
- Hospices Civils de Lyon. Phagothérapie : les HCL autorisés à produire des phages thérapeutiques pour lutter contre l'antibiorésistance. Communiqué officiel, autorisation ANSM du 28 mai 2026. Source
- Eliava Phage Therapy Center. Institut Eliava de bactériophages, microbiologie et virologie. Tbilissi, Géorgie (fondé en 1923). Source
- Phage Therapy Unit, Institut Hirszfeld. Institut d'immunologie et de thérapie expérimentale, Académie polonaise des sciences. Wrocław (créé en 2005). Source
Dernière vérification des sources : juin 2026.